Thời Trung cổ Lourdes và lâu pháo đài của nó là trụ sở của bá tước Bigorre[3]. Cùng với cuộc Thập tự chinh Albigeois (1208-1249), lâu pháo đài Lourdes được coi là điểm then chốt của tỉnh, bị nhiều phe tranh giành. Nó rơi vào tay bá tước Champagne, cũng là vua Navarre (khoảng đầu thế kỷ 13), sau đó vào tay vua Pháp Philippe IV (Philippe le Bel), rồi sau năm 1360 lại rơi vào tay người Anh trong cuộc Chiến tranh 100 năm cho tới đầu thế kỷ thứ 15. Trong Chiến tranh 100 năm, Pierre Arnaud de Béarn giữ lâu pháo đài cùng với toàn vùng Bigorre và Lavedan cho vua Anh. Sau năm 1374, người em Jean de Béarn thay thế, nhưng lãnh thổ bị thu hẹp lại trong vùng núi mà thôi, tới tháng 10/1407 thì lâu pháo đài Lourdes rơi vào tay vua Pháp. Thời trung cổ, thành phố mở về phía tây của lâu pháo đài và được xây tường bao quanh (nay chỉ còn lại tháp Garnavie). Thế kỷ 13, Lourdes có khoảng 150 hộ gia đình và sang đầu thế kỷ 15 thì có 243 hộ[3].

Thế kỷ 16 và 17 Lourdes trải qua nhiều cuộc khủng hoảng. Nhà thờ giáo xứ và tu viện Saint-Pé-de-Bigorre gần đấy bị phá hủy trong cuộc Chiến tranh tôn giáo (giữa Công giáo và Tin Lành)[3]. Tới thế kỷ 18, mặc dù nạn đói và các trận dịch, dân số lại tăng. Năm 1696 có 2.315 dân[3]. Từ năm 1730 tới 1772 thêm 1.189 dân. Năm 1755, dân số gồm khoảng 40% là nông dân, 40% là thợ thủ công (chủ yếu ngành dệt), 8,5% là thợ làm đá và khoảng 13% làm dịch vụ (buôn bán vv...)[3].Tuy nhiên tới đầu cuộc Cách mạng Pháp (1789) thì dân số lại giảm, chỉ còn khoảng 2.300 người[3]